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无标记定量蛋白组学分析方法避免了使用标记物质，如同位素标记等，进行蛋白质定量。无标记定量蛋白组学分析方法通过比较不同样本在MS谱图中蛋白质肽段离子峰的高度或面积，来实现蛋白质的定量。这种方法有着显著的优势，如操作简便，实验周期短，可以同时进行大规模样本比较。 无标记定量蛋白组学分析方法依赖于质谱仪
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高通量蛋白质组学技术通过大规模测定生物样本中所有蛋白质的质量及其相对丰度，来获取蛋白质丰度和修饰信息。这种技术得以实现，主要归因于两大关键技术：即生物样品的前处理技术和质谱技术。前处理涉及到蛋白质的提取、纯化和酶切等步骤；而质谱技术则是将处理后的样品离子化，然后通过质谱分析获得每一种蛋白质的质量和质
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